Los datos que contienen los discos duros están organizados en archivos y directorios. Cada sistema operativo tiene un propio sistema de archivos. Estos sistemas de archivos tiene una compleja y eficaz forma de organizar los datos pero al producirse errores por: manipulación indebida (borrado accidental de carpetas o documentos), instalación de programas que afecten el sistema de archivos, particiones del disco, ataques de virus, etc, este sistema de archivos puede corromperse y se presenta un fallo que impide el acceso a los datos.
En las plataformas Windows normalmente se utilizan tres sistemas de archivos:
- FAT: File allocatiion table
- FAT32: 32-bit file allocation table
- NTFS: NT File System
En el mundo del Macintosh existen dos sistemas:
- Macintosh HFS: Hierarchical File System
- HFS+ o también llamado Mac OS Extended
La plataforma Unix utiliza:
- UFS: Unix File System
Plataforma Linux:
- VFS: Virtual File-System
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